第六季开篇，大学图书馆的夜间值班制度面临裁撤，管理员沈知予被要求在一个月内交出古籍修复室的改造方案，否则整个夜班团队将被并入日间部门。与此同时，她在还书箱底部发现一张匿名便签，上面写着只有她自己才知道的行程细节。

古籍修复师陆听澜以临时借调身份回到图书馆，任务是评估旧书库的藏品价值，却对二十年前的一批未编目手稿讳莫如深。沈知予发现那些手稿的修复记录里，夹着与便签相同笔迹的批注。

纪南枝作为沈知予的大学室友突然回校任职，她带来的不仅是旧日情谊，还有一份关于图书馆土地使用权转让的内部文件。温子澈作为夜班学生助理，用监控日志拼凑出便签出现的时间规律，却发现每次便签出现时，摄像头都会恰好偏移十五度。

阮书宁以捐赠者身份介入古籍修复项目，她提供的一箱家传藏书里藏着旧书库原始图纸，图纸上标注的暗格位置与现存的建筑结构不符。江照野作为校方派来的评估顾问，试图推动数字化方案，却意外发现便签上的字迹来自一台已被淘汰的打字机。

随着裁撤倒计时临近，沈知予与陆听澜被迫在旧书库关闭前完成手稿的紧急修复。两人在暗格中找到二十年前的借阅记录，上面反复出现同一个名字。便签的来源、手稿的归属、土地使用权的真相，在闭馆铃声响起时同时逼向必须摊牌的深夜。